1.    吳建忠，〈公民誰參與？參與式預算在台北市的權力邏輯〉，台北海洋科技大學學報，第9卷第2期（2018年8月），頁223-243頁。   

2.    吳建忠，〈孫中山與中國空軍建設〉，國父紀念館館刊，第51期（2018年12月），頁13-15。

3.    吳建忠、林威克、洪于婷，〈尋找重建公共空間的路徑--從微博公共知識分子的公共性放逐談起〉，臺北海洋技術學院學報，第6卷第1期（2013年3月），頁（具審查機制）。

4.    吳建忠，〈由「鄭立中現象」觀察「兩會」後中共對台政策〉，中共研究，第46卷第3期（2012年3月），頁22-36。（具審查機制）

5.    彭思舟、吳建忠，〈馮京當馬涼？論國際話語權與中國拓展國際話語權的新思路〉，展望與探索，第9卷第7期（2011年7月），頁74-89。（具審查機制）

6.    彭思舟、吳建忠，〈上海文化創意產業集聚區發展現狀及前景分析〉，臺北海洋技術學院學報，第4卷第1期（2011年4月），頁152-178。（具審查機制）

7.    彭思舟、吳建忠，〈手機民調應用方法之初探：以大臺北地區大學生為例〉，第4卷第1期（2011年4月），頁62-79。（具審查機制）

8.    徐斯儉、吳建忠，〈在治理改革中走向民主：浙江溫嶺鄉鎮人大參與式預算之個案研究〉，中國大陸研究，第54卷第1期（2011年3月），頁1-23。（TSSCI）

9.    曲兆祥、吳建忠，〈中國大陸鄉鎮人大改革的實驗--以浙江溫嶺市鄉鎮「民主懇談會」為例〉，中國大陸研究，第53卷第3期（2010年9月），頁1-23。（TSSCI）

10.   吳建忠、曲家瑜，（維權律師與惡法博弈的平台？—論中國大陸違憲審查制度），中華人文社會學報，第十二期（2010年3月），頁12-40。（具審查機制）

11.   黃城、吳建忠，〈國士無雙、御史典範-陶百川與台灣民主化〉，盟訊，第132期（2009年1月），頁18-37。

12.   黃正飛，〈開發漁產品貿易潛在市場評析〉，台灣水產，第4卷第6期(2009年12月)。

13.   黃正飛，〈吳郭魚生產效率分析〉，臺北海洋技術學院學報，第1卷第2期（2008年9月）。

14.   黃正飛，〈確保漁業永續發展的資訊管理工程－建置漁業綠色國民所得帳評析〉，台灣水產，第2卷第7期(2007年2月)。

15.   黃正飛  ，〈漁撈能力管理國際行動計畫要旨與實施概況〉，台灣水產，第1卷第3期(2006年6月)。

16.   黃正飛， 〈漁撈能力管理概說〉，台灣水產，第1卷第2期(2006年4月)。